“Tidak Diketahui” adalah musuh misterius yang tiba-tiba muncul sejak lama. Sebagai tindakan pencegahan, “Badan Pengembangan Kereta Api Evolusioner” (ERDA) telah mengembangkan robot “Shinkalion” yang berubah menjadi kereta peluru, untuk bersiap menghadapi ancaman tersebut.
“Aku ingin menjadi orang keren yang bisa melindungi sesuatu…” Taisei Oonari, siswa sekolah menengah pertama tahun kedua, pindah ke Sekolah Menengah Shinkai Gakuen untuk mencari petunjuk tentang kakak perempuannya yang menghilang dua tahun lalu.
Saat itu, Yang Tidak Diketahui muncul untuk pertama kalinya dalam 10 tahun. Taisei kebetulan memiliki nilai bakat yang tinggi sebagai pilot Shinkalion, dan terpaksa mengambil keputusan untuk melawannya. Apa sifat sebenarnya dari Yang Tidak Diketahui dan apa tujuannya? Kebenaran apa yang terungkap di akhir pertarungan? Kisah tekad dan pertumbuhan anak laki-laki itu dimulai sekarang.
